Saint Seiya: The Lost Canvas narra los eventos de la Guerra Santa ocurrida 243 años antes de la historia original de Saint Seiya. La trama gira en torno a Tenma, un joven huérfano que se convierte en el Caballero de Pegaso, y su enfrentamiento con su mejor amigo de la infancia, Alone, quien ha sido elegido como el receptáculo de Hades, el dios del Inframundo.
A medida que la guerra entre Atenea y Hades se intensifica, Tenma lucha al lado de los 12 Caballeros Dorados del Santuario para proteger la Tierra, mientras Alone crea un gigantesco lienzo, el Lost Canvas, destinado a destruir toda la vida en el mundo.
